Las investigaciones llevadas a cabo por el CEAR, se realizan en el marco de proyectos acreditados en las Universidades Nacionales de Rosario y La Plata, y con el apoyo de la Dirección Provincial de Patrimonio Cultural de la Provincia de Buenos Aires.

Las diferentes líneas de investigación desarrolladas tienen por objetivo general estudiar, desde una perspectiva arqueológica, el desarrollo cultural de las poblaciones indígenas y su interrelación con procesos paleoambientales. De esta forma se busca realizar inferencias acerca de las características del poblamiento del área, la estructura y la dinámica de las poblaciones, el aprovechamiento diferencial de los recursos, la organización tecnológica, la organización social, aspectos simbólicos e impacto ambiental de las sociedades que habitaron el Área Ecotonal Húmedo-Seca Pampeana desde inicios del Holoceno hasta momentos históricos, así como su estado de salud, parámetros demográficos y variaciones en la dieta.